Sebelum 22 November 1963, FNM dikenali dengan nama Malayan Film Unit (Unit Filem Malaya). Malayan Film Unit memulakan operasinya dari pejabatnya di Jalan Bangsar, Kuala Lumpur pada April 1946. Pengarah seni pertamanya adalah Gillie Porter, juru kamera perang. Beliau turut memperkenalkan kamera animasi Bell dan Howell, penebuk, rostrum dan cakera animasi bagi menghasilkan kerja seni animasi dan judul bagi Cathay Organisation dan Cathay-Keris. Goh Meng Huat merupakan pembantunya dan juru animasi Malaysia pertama.

Kompleks Filem Negara Malaysia yang terletak di Jalan Utara, Petaling Jaya dirasmikan oleh Yang di-Pertuan Agong ke-3, Al-Marhum Tuanku Syed Putra Ibni Al-Marhum Syed Hassan Jamalullail pada 24 Ogos 1965.

Bermula dari tahun 1946 sehingga kini, logo harimau digunakan sebagai pengenalan kepada FNM. Logo itu direka oleh Pengarah Seni di Bahagian Gerak Gambar, Gillie Potter. Logo Harimau dipilih kerana ia melambangkan kecergasan, ketabahan dan kegagahan. Sifat ini amat diperlukan oleh Malayan Film Unit pada masa itu, kerana ia menghadapi pelbagai cabaran untuk membuktikan kemampuannya.

Pada setiap musim perayaan Filem Negara Malaysia sentiasa menghasilkan iklan atau cerita pendek yang bertemakan kasih sayang, perpaduan, kebudayaan, budi bahasa dan menghormati orang tua sering dipaparkan di kaca TV. Ia satu cerita yang panjangnya sekitar 2 minit hingga 3 minit.

FNM yang dilengkapi dengan segala kemudahan penerbitan dan penyuntingan diyakini tidak menghadapi masalah untuk menghasilkan program pendek.

Tidak dinafikan sejak ditubuhkan lebih setengah abad, FNM sudah berjaya menghasilkan ratusan karya yang baik sehingga mendapat pengiktirafan daripada pelbagai festival atau penganugerahan antarabangsa dalam kategori dokumentari, cerita pendek atau animasi. Malahan, FNM juga pernah menerima pengiktirafan besar menerusi beberapa filem cereka yang pernah diterbitkannya seperti Bila Hati Sudah Retak, Dayang Suhana atau Embun.

Dokumentari atau filem pendek seperti Before The Wind, Building Bonny Babies, The Letter, Buffaloes For Floughing dan Letter From Home yang dihasilkan pada tahun 1954, atau Hassan’s Home Coming, Youth In Action dan Malacca Then And Now (1955), Rohani’s Steps Out, Valley of Hope, Timeless Temiar dan Malayan University (1956) dan juga Wayang Kulit, Tin From Malaya (1957) adalah antara contoh terbaik yang pernah dihasilkan oleh FNM sehingga pernah meraih pelbagai pengiktirafan dari Filipina, Jepun, Kanada, Hong Kong dan Kemboja.

FNM juga pernah menghasilkan dokumentari mengenai kemerdekaan dan perpaduan seperti Merdeka For Malaya, United We Stand, Master Farmer Kum Yeng, No Need To Be Poor, dan Bapa Malaysia adalah contoh karya yang sepatutnya disiarkan semula di kaca TV.

FNM bersedia untuk menjalin kerjasama dengan agensi kerajaan yang lain seperti Perbadanan Kemajuan Filem Nasional (Finas) untuk menghasilkan dokumentari yang lebih segar, dinamik dan bersesuaian dengan keperluan semasa.

Pada dasarnya, semenjak penggabungan Kementerian Penerangan bersama Kebudayaan (Pada April 2009), FNM diberikan tugasan menjadi "hub" untuk agensi dan jabatan kerajaan serta masih memainkan peranan untuk memberi penerangan tentang dasar-dasar kerajaan serta menjadi medium untuk mendokumentasikan sejarah - sejarah penting negara.

Pada 2013, dengan rasminya Filem Negara Malaysia digabungkan dengan Perbadanan Kemajuan Filem Nasional (FINAS).[3][4]